يكون تدريس القران الكريم في المعهد بروايتين هما:
فللطالب حرية الاختيار لأحدى الروايتين أعلاه أما حفص عن عاصم أو ورش عن نافع.
هناك برنامجان معتمدان للتدريس في المعهد البرنامج الاول هو برنامج تعليم تجويد القران الكريم والبرنامج الثاني هو برنامج حفظ القران الكريم حيث أن برنامج حفظ القران الكريم يقسم بدوره الى عدة برامج وهي كالاتي برنامج حفظ الاجزاء الخمسة الاولى من القران الكريم وبرنامج حفظ الاجزاء العشرة الاولى من القران الكريم وبرنامج حفظ خمسة عشرة جزء و برنامج حفظ عشرين جزء والبرنامج الاخير هو حفظ القران الكريم كاملا.
يتضمن المعهد اربع مراحل درسية لكل مرحلة فصل دراسي واحد مع الاختبار هي كما يلي
تستقبل هذه المرحلة الطلبة الناجحين من المرحلة المتقدمة، سيكون للطالب في هذه المرحلة حرية الاختيار بين تلاوة القران الكريم كاملا فقط او حفظ القران الكريم كاملا حيث أنه سيحدد للطالب معلم يسمع منه القران الكريم كاملا.
هذه المرحلة تستقبل الطلبة الناجحين من المرحلة التمهيدية لكلا الفئتين المذكورتين آنفا. يتم تدريس علم التجويد في هذه المرحلة بشكل مفصل حيث سيتم دراسة المواضيع الاتية ( مقدمات علم التجويد، الاستعاذة والبسملة، مخارج الحروف والقابها، الصفات اللازمة للحروف، احكام النون والميم، المد احكامه وانواعه، التفخيم والترقيق، الادغام، الوقف والابتداء).
في هذه المرحلة يتم تقسيم الطلبة الى فئتين العرب وغير العرب لكل فئة لها منهج خاص بها. في هذه المرحلة يتم تعليم الطلبة اساسيات علم التجويد الذي يتضمن معرفة مخارج حروف اللغة العربية وصفاتها واحكام النون الساكنة والتنوين والمدود والوقف والابتداء.
يتم في هذه المرحلة تعليم الطلبة حروف اللغة العربية وتعليم القراءة مع التشكيل لغير الناطقين باللغة العربية، حيث يتم قبول الطلبة الذين لا يجيدون اللغة العربية في هذه المرحلة.
الجزء النظري: يكون عدد الساعات الاسبوعية لجميع المراحل بواقع ساعتان للجزء النظري.
الجزء العملي (التلاوة): يبدأ الطالب بتلاوة القرءان الكريم من المرحلة التمهيدية ويكون التلاوة بواقع اربع صفحات في الاسبوع.